Модель с таким индексом представляет собой улучшенную модель АТ-84, отличаясь меньшими предельно допустимыми отклонениями в размерах деталей, более качественной внешней отделкой и незначительными изменениями габаритов ствола, из-за чего последний перестал быть взаимозаменяемым со стволом предыдущей модели. Стволы эти, кстати, выпускались в Германии Петером Шталем и обеспечивали исключительную износостойкость и высокую точность стрельбы.

Флажковый предохранитель АТ-88 включался вне зависимости от того, заряжен пистолет или нет. Начиная с 1987 года эти пистолеты снабжаются автоматическим предохранителем ударника и двухсторонним флажковым предохранителем. По желанию стрелка стопор затвора-кожуха также мог устанавливаться на левую или правую сторону оружия. Кроме патронов 9 мм «парабеллум» в пистолете АТ-88 могут использоваться боеприпасы .41 «экшн экспресс», для чего достаточно заменить ствол и магазин.