Первоначально КСО насчитывало около 1 000 человек, в дальнейшем его численность планировалось довести до 4 000. Ключевым элементом при формировании командования был 251-й парашютно-десантный батальон. В настоящее время оно включает штаб (г. Кёльн, земля Баден-Вюртенберг), шесть рот (одна - глубинной разведки, четыре - спецназа, одна поддержки) и учебный центр. Рота глубинной разведки состоит из двух взводов - один должен решать задачи разведки, а второй - разведывательно-диверсионные. В роте спецназа четыре взвода, каждый из которых подготовлен для заброски в тыл противника преимущественно одним из следующих способов: по поверхности земли, по водной поверхности, по воздуху на парашютах с самолета (вертолета) с больших высот или по горной и заснеженной местности. Взвод делится на патрули численностью по пять человек. В учебном центре кроме отбора кандидатов (двухнедельный курс) и трехмесячной общей подготовки специалистов для подразделений КСО проводятся испытания нового оружия и снаряжения для этого командования, для чего в нем имеется два взвода - учебный и испытательный. Кандидаты для службы в КСО тщательно отбираются (на добровольной основе) из личного состава бундесвера. Возраст кандидата не должен превышать 27 лет для офицеров и 32 года для унтер-офицеров. Предельный возрастной ценз 38 лет. Закончивший обучение по общему курсу подготовки в учебном центре КСО в г. Кальв направляется в подразделения КСО для прохождения трехлетнего курса специальной подготовки. Она включает разведывательно-диверсионную и стрелковую в школе сухопутных сил (г. Хаммельбург), парашютно-десантную в школе ВДВ (г. Аль-тенштадт), подготовку по связи и медицинскую подготовку, а также обучение действиям в горах и зимних условиях в учебном центре (г. Миттенвальд). Кроме того, личный состав КСО проходит стажировку и обменивается опытом в антитеррористической группе пограничной охраны, а также в учебных центрах НАТО и подразделениях спецопераций других стран. Только после успешного окончания трехлетнего курса специальной подготовки личному составу КСО присваивается статус боеготового.